Faili meçhul cinayetlerin en yoğun yaşandığı 1990 ile 1994 yılları arasında 21'inci Genelburmay Başkanı olan Doğan Güreş, tedavi gördüğü GATA'da öldü. 23 Ağustos 1989 tarihinde Kara Kuvvetleri Komutanlığı görevinden sonra 4 Aralık 1990 tarihinde Genelkurmay Başkanlığı görevine atanan Güreş, 1994 tarihinde ise emekliye ayrıldı. Güreş'in görevi döneminde sıkıyönetim ve olağanüstü hal altında olan bölgede binlerce kişi faili meçhul cinayete kurban gitmiş, "Yeşil" kod adlı JİTEM elemanı Mahmut Yıldırım gibi kontra güçler, katliamlar gerçekleştirmişti.

Yine 26 Mart 1994 tarihinde 38 kişinin yaşamını yitirdiği Şırnak Kuşkonar ve Koçağlı köylerinin Türk Hava Kuvvetleri'ne ait uçaklarca yapıldığı kesinleşmesinin ardından açıklama yapan Güreş, "uçaklardaki kayışların gevşemesi nedeniyle bombaların yanlışlıkla düştüğü"nü söylemişti.

Dönemin Başbakanı Tansu Çiller'in Meclis’e giren DEP Milletvekillileri, Orhan Doğan, Hatip Dicle, Leyla Zana, Sırrı Sakık, Selim Sadak, Ahmet Türk ve Sedat Yurtdaş'ı kastederek, "Meclis'te PKK'nın barındığı bir gölge vardır, bunu Meclis'in üzerinden kaldırmakla yükümlüyüz" demesinin ardından Güreş de, "Eşkıyayı Bekaa'da aramaya gerek yok. Maalesef bunların bir kısmı Yüce Meclis'in çatısı altındadır" şeklinde açıklama yapmış ve vekiller, meclisten gözaltına alınarak tutuklanmıştı.